Existem três tipos de seleção natural, que são, seleção direcional, seleção estabilizadora e a seleção disruptiva. A seleção direcional favorece um único fenótipo, e nesse tipo de seleção o alelo mais vantajoso aumenta de freqüência, ao longo das gerações a seleção direcional age sobre fenótipos homozigotos. O alelo não tem que ser necessariamente dominante, mesmo alelo recessivo também poderá ser fixado na população.

Esse tipo de seleção ocorre freqüentemente em mudanças ambientais e quando ocorre migração de populações para novas áreas que possuem diferentes pressões ambientais. Nota-se o uso de seleção direcional na genética quantitativa, visto que ela demonstra em mudança de direção na média da população ao longo do tempo em características contínuas. Pode-se citar como exemplo a pesca do salmão rosa, o desenvolvimento de resistência de bactérias aos antibióticos, resistência de insetos a inseticida, no tamanho corporal de peixes e entre outros.